Para poder definir documentos de referencia en una factua los pasos son los siguientes:

1.- Activa el soporte para documentos de referencia, esto lo puedes hacer desde "Configurar" --> "Ver Mas" --> "Configuracion General" --> "Configuracion General". Busca la opcion "Desde documentos, ¿Requieres definir documentos de referencia?" dejala en "Si" y presiona "Guardar", esto se realiza solo una vez.

2. Ahora al emitir tu documento desde "Documentos", podras definir la referencia, desde el panel lateral derecho que se activa el "Generar", deberas seleccionar el tipo de documento de referencia, el folio y la fecha de manera obligatoria, la razon de referencia es opcional, luego para confirmar el documento de referencia es importante que presiones "Agregar Documento de Referencia", de no confirmar el agregado, el documento de referencia no sera considerado.

3.- Una vez que agregues todos los  documentos de referencia que estimes conveniente, como maximo pueden ser 60, puedes volver a definir los datos generales del documento, como por ejemplo la forma de pago, fecha, etc. presionando la flecha de regreso, que se destaca en la siguiente imagen.

¡¡Y listo!!, ya puedes confirmar tu documento